Vesistöt
Siilinjärven kunnan pinta-alasta on 21,6 % vettä, mikä on hieman enemmän kuin Pohjois-Savossa keskimäärin. Siilinjärvellä on 126 järveä. Pohjois-Savon järvipinta-alasta lähes 90 % on säilynyt hyvänä tai jopa erinomaisena. Tietoa järvistä löytyy Järviwikistä ja vesikartasta.
Järvien vedenlaatu
Pohjois-Savon järvien vedenlaadun kehityksestä vuosina 2008-2018 on kerrottu tarinakartalla, missä aineistona ovat Suomen ympäristökeskuksen pintavesien tilan tietojärjestelmän havaintopaikkakohtaiset vedenlaatutiedot (väriluku, kemiallinen hapenkulutus, kokonaisfosfori, kokonaistyppi ja a-klorofylli).
Järvien vedenlaatua koskevaa tietoa saadaan myös velvoitetarkkailusta. Vesistöihin mahdollisesti vaikuttavien toimintojen vesi- ja ympäristöluvissa on määrätty, miten vaikutuksia vedenlaatuun on tarkkailtava. Esimerkiksi Jynkänniemen jätevedenpuhdistamon velvoitetarkkailuun kuuluu Juurusvesi ja Yara Suomi Oy:n on tarkkailtava Kolmisopen, Sulkavanjärven ja Siilinjärven vedenlaatua.
Myös valtion ympäristöhallinnon vesistöseurannasta saadaan tietoa lähinnä suurien järvien tilasta. Pohjois-Kallaveden vedenlaatua seurataan Kuopion ja Siilinjärven rajalla Autiorannan edustalla.