Kasvillisuus ja eläimistö
Harjut, lehdot ja rehevät vesistöt mahdollistavat monipuolisen kasvillisuuden ja eläimistön Siilinjärvellä. Esimerkiksi Patakukkula-Tarinaharjulla on harjumasmaloa, kangasajuruohoa, kalliokieloa ja tunturikurjenhernettä. Suppien ympärillä on vanhaa metsää. Kuivasteenmäen lehdossa on vaateliaita kasveja, muun muassa lehto-orvokki, mustakonnanmarja, lehtokuusama ja koiranheisi.
Monet peltoalan lisäämiseksi aikanaan lasketut järvet ovat nykyisin arvokkaita lintuvesiä. Kevättömällä on rauhoitettu arvokkaimmat alueet pesimä- ja muutonaikaisen linnustonsuojeluarvon säilyttämiseksi. Runsaan vesilinnuston lisäksi Kevättömällä on tavattu muun muassa kaulushaikara ja ruskosuohaukka.
Maaningan lintuvesiin kuuluvat Keskimmäinen ja Ylimmäinen ovat kansainvälisesti tärkeitä lintualueita (IBA-alue). Monimuotoinen, rehevien lintuvesien, niittyjen, peltojen ja lehtimetsien muodostama Kasurila-Jälä-Jännevirta –alue kuuluu Suomen tärkeisiin lintualueisiin (FINIBA-alue). Kuopion seudun selkävesistä osa on IBA-aluetta, osa FINIBA-aluetta.
Suomessa silmälläpidettävä (NT), luonnonsuojelulain nojalla rauhoitetun liito-oravan asuttamia metsiköitä on Siilinjärvellä todettu useita. Liito-oravan lisääntymis- ja levähdyspaikkojen hävittäminen ja heikentäminen on luonnonsuojelulain nojalla kielletty.